Journal of Applied Biosciences (J. Appl. Biosci.) [ISSN 1997 - 5902]
Volume 70: 5567 - 5579 Published October 31, 2013.
Caractérisation des isolats de Phytophthora spp du verger cacaoyers de Côte d’Ivoire
Klotioloma COULIBALY 1*, Ismaël B. KEBE 1, Nazaire Kouassi KOFFI 2, Joseph MPIKA 3, Daouda KONE 41. Laboratoire de Phytopathologie, Centre National de Recherche Agronomique (CNRA), BP 808 Divo, Côte d’Ivoire ;
2. Laboratoire Central de Biotechnologie, Centre National de Recherche Agronomique (CNRA),
3. Laboratoire de Phytopathologie, Station de Recherche de Bimbresso, CNRA, 01 BP 1536 Abidjan 01, Côte d’Ivoire
4. Laboratoire de pathologie et de Physiologie végétale, UFR Biosciences, Université Félix Houphouët Boigny de Cocody, 22 BP 582 Abidjan 22, Côte d’Ivoire
* Auteur pour la correspondance Email : coolklotiolo@yahoo.fr
Original submitted in on 6th September 2013 Published online at www.m.elewa.org on 31st October 2013.
RÉSUMÉ
Objectifs
: La pourriture brune des cabosses due à Phytophthora spp. est
l’affection la plus répandue et la plus importante dans la cacaoculture
ivoirienne. Cette étude a été réalisée pour caractériser et identifier
les isolats de Phytophthora spp à partir des caractères morphologiques
et moléculaires.
Méthodologie et résultats : Cinquante isolats provenant des principales zones (Est, Centre-Ouest, et Sud-ouest) du verger cacaoyers de la Côte d’ivoire ont été isolés à partir de cabosses immatures atteintes de pourriture brune. Les caractères phénotypiques asexués et moléculaires à savoir : la longueur, la largeur, le rapport longueur/largeur des sporocystes, la longueur du pédicelle, la forme et la caducité des sporocystes, le type de colonie et l’analyse des fragments de restriction de l’ADN des régions ITS (Espaceur Interne Transcrit) ont été évalués. Les sporocystes des isolats étudiés apparaissaient très variables dans leur forme d’un isolat à un autre. Ils étaient de forme ovoïde, ellipsoïde, obpyriforme, ovoïde-obpyriforme et arrondis à leur base. Les sporanges des isolats observés étaient caducs donc éparpillés avec un pédicelle court (2,92 ± 1,18 µm). Les sporanges étaient également variables par leur taille, variant entre 33,25 à 55,00 µm en longueur et entre 21,99 à 34,37 µm en largeur avec un rapport longueur/largeur variant de 1,23 à 1,94. Les colonies sur culture carotte-agar brut étaient radiées, striés et/ou stellées, et pétaloïdes. L’amplification par ITS-PCR de l’ADN a généré un fragment spécifique de 900 bp. L’analyse des fragments de restriction obtenus après digestion par les endonucléases (AluI ; PvuII ; HaeIII ;HinfI et MspI) a montré que tous les isolats étudiés appartenaient à l’espèce Phytophthora palmivora.
Conclusion et application de résultats : Il ressort de notre étude que la technique PCR-RFLP a été plus discriminante par rapport aux méthodes traditionnelles pour caractériser et identifier les isolats de Phytophthora spp. Les résultats montrent également que la technique PCR-RFLP est un moyen rapide sélectif et fiable dans l’identification des Phytophthora spp. En outre, cette méthode peut être utilisée comme outil de prévention et de gestion dans la lutte contre la pourriture brune des cabosses. Cette étude a confirmé la présence de Phytophthora palmivora comme l’espèce la plus prédominante bien que Phytophthora megakarya ait été récemment découverte dans l’Est du verger cacaoyers.
Mots clés : pourriture brune ; sporange ; pédicelle ; papille ; Phytophthora spp ; région ITS ; PCR-RFLP
Méthodologie et résultats : Cinquante isolats provenant des principales zones (Est, Centre-Ouest, et Sud-ouest) du verger cacaoyers de la Côte d’ivoire ont été isolés à partir de cabosses immatures atteintes de pourriture brune. Les caractères phénotypiques asexués et moléculaires à savoir : la longueur, la largeur, le rapport longueur/largeur des sporocystes, la longueur du pédicelle, la forme et la caducité des sporocystes, le type de colonie et l’analyse des fragments de restriction de l’ADN des régions ITS (Espaceur Interne Transcrit) ont été évalués. Les sporocystes des isolats étudiés apparaissaient très variables dans leur forme d’un isolat à un autre. Ils étaient de forme ovoïde, ellipsoïde, obpyriforme, ovoïde-obpyriforme et arrondis à leur base. Les sporanges des isolats observés étaient caducs donc éparpillés avec un pédicelle court (2,92 ± 1,18 µm). Les sporanges étaient également variables par leur taille, variant entre 33,25 à 55,00 µm en longueur et entre 21,99 à 34,37 µm en largeur avec un rapport longueur/largeur variant de 1,23 à 1,94. Les colonies sur culture carotte-agar brut étaient radiées, striés et/ou stellées, et pétaloïdes. L’amplification par ITS-PCR de l’ADN a généré un fragment spécifique de 900 bp. L’analyse des fragments de restriction obtenus après digestion par les endonucléases (AluI ; PvuII ; HaeIII ;HinfI et MspI) a montré que tous les isolats étudiés appartenaient à l’espèce Phytophthora palmivora.
Conclusion et application de résultats : Il ressort de notre étude que la technique PCR-RFLP a été plus discriminante par rapport aux méthodes traditionnelles pour caractériser et identifier les isolats de Phytophthora spp. Les résultats montrent également que la technique PCR-RFLP est un moyen rapide sélectif et fiable dans l’identification des Phytophthora spp. En outre, cette méthode peut être utilisée comme outil de prévention et de gestion dans la lutte contre la pourriture brune des cabosses. Cette étude a confirmé la présence de Phytophthora palmivora comme l’espèce la plus prédominante bien que Phytophthora megakarya ait été récemment découverte dans l’Est du verger cacaoyers.
Mots clés : pourriture brune ; sporange ; pédicelle ; papille ; Phytophthora spp ; région ITS ; PCR-RFLP
Characterization of Phytophthora spp isolates from cocoa orchard of Côte d’Ivoire
Objectives:
The cocoa black pod caused by Phytophthora spp. is the most widespread
and the most important disease of cocoa in Côte d’Ivoire. The aim of
this study was to identify and characterize prevailing strains of
Phytophthora spp in the country using both morphphological and
molecular methods.
Methodology and Results: A total of fifty isolates of Phytophthora spp grown from immature pods suffering of cocoa black disease obtained in the main production areas of cocoa (East, Centre-West and South-West) of Côte d'Ivoire . The phenotypic asexual and molecular characteristics namely: the length, the width, the length /width ratio of sporocysts, the length of the stalk, the shape and the caducity of sporocyst, the type of colony and the analysis of ITS (Internal Transcribed Spacer) restriction fragment area of DNA were evaluated. Sporocysts appeared to be highly variable from one isolate to another with ovoid, ellipsoid, ovoid-obpyriform and obpyriform and rounded base shape. Sporangia were scattered with a short pedicel (2.92 ± 1.18 µm), with variable size ranging from 33.25 to 55.00 µm for length, from 21.99 to 34.37 µm for width, from 1.23 to 1.94 for length / width ratio. On carrot agar, colonies appeared radiated, striated and / or stellate and petaloid. The ITS-PCR amplification of DNA generated a specific fragment of 900 bp. Analysis of restriction fragments obtained after digestion with endonucleases (AluI; PvuII ; HaeIII ;HinfI et MspI) identified all isolates as Phytophthora palmivora.
Conclusion and application of findings: It is clear from our study that the PCR-RFLP technique was discriminatory than traditional methods for characterization and identification of isolates of the genus Phytophthora spp. Our results also show that the PCR-RFLP technique is more selective, fast and reliable for identification of Phytophthora spp. This method could be used as a useful tool for prevention and management in the fight against the black pod. This study confirmed the presence of Phytophthora palmivora as the most predominant species in Ivorian cocoa orchard.
Keywords: black pod disease; sporangia; pedicel; papilla Phytophthora spp, ITS region, PCR-RFLP
Methodology and Results: A total of fifty isolates of Phytophthora spp grown from immature pods suffering of cocoa black disease obtained in the main production areas of cocoa (East, Centre-West and South-West) of Côte d'Ivoire . The phenotypic asexual and molecular characteristics namely: the length, the width, the length /width ratio of sporocysts, the length of the stalk, the shape and the caducity of sporocyst, the type of colony and the analysis of ITS (Internal Transcribed Spacer) restriction fragment area of DNA were evaluated. Sporocysts appeared to be highly variable from one isolate to another with ovoid, ellipsoid, ovoid-obpyriform and obpyriform and rounded base shape. Sporangia were scattered with a short pedicel (2.92 ± 1.18 µm), with variable size ranging from 33.25 to 55.00 µm for length, from 21.99 to 34.37 µm for width, from 1.23 to 1.94 for length / width ratio. On carrot agar, colonies appeared radiated, striated and / or stellate and petaloid. The ITS-PCR amplification of DNA generated a specific fragment of 900 bp. Analysis of restriction fragments obtained after digestion with endonucleases (AluI; PvuII ; HaeIII ;HinfI et MspI) identified all isolates as Phytophthora palmivora.
Conclusion and application of findings: It is clear from our study that the PCR-RFLP technique was discriminatory than traditional methods for characterization and identification of isolates of the genus Phytophthora spp. Our results also show that the PCR-RFLP technique is more selective, fast and reliable for identification of Phytophthora spp. This method could be used as a useful tool for prevention and management in the fight against the black pod. This study confirmed the presence of Phytophthora palmivora as the most predominant species in Ivorian cocoa orchard.
Keywords: black pod disease; sporangia; pedicel; papilla Phytophthora spp, ITS region, PCR-RFLP
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